Catequista devoto, Isidoro Bakanja no dudó en ofrecer su vida a Dios, lleno de la certeza que encontraba en su fe y en su rezo habitual del rosario. Un testigo de su canonización declaró que un capataz belga acusó a Bakanja de enseñar rezos y "todo tipo de estupideces a mis trabajadores, a mis sirvientes e incluso a los aldeanos. Si eso no cesa, nadie querrá seguir trabajando para mí". Su diatriba terminó con otra paliza para Isidore.

La posesión belga del Congo desde 1885 no era más que una burda e injusta explotación de los nativos. Bakanja se empleó como criado, y regresaba en ocasiones a su pueblo natal. De carácter apacible, honesto y respetuoso, Isidore trabajaba a conciencia y rezaba fielmente, como atestiguan muchos testigos no cristianos. A menudo, con el rosario en la mano, buscaba oportunidades para compartir su fe con los demás, hasta el punto de que muchos lo consideraban un catequista.

Cuando volvió a trabajar para los agentes de una compañía belga, le dijeron que se deshiciera del escapulario. Al no hacerlo, fue azotado dos veces. La segunda vez, el capataz montó en cólera. Se abalanzó sobre Isidore, le arrancó el escapulario del cuello y lo tiró al suelo. Hizo que dos sirvientes sujetaran a Isidoro por las manos y los pies y un tercer sirviente lo azotó. El látigo era de piel de elefante con clavos en la punta. El joven Isidoro, que se retorcía de dolor, pedía clemencia. "Dios mío, me estoy muriendo", murmuró. Pero el verdugo seguía pateando a Isidore en el cuello y la cabeza, y ordenaba a sus sirvientes que lo azotaran aún más fuerte. Después de un centenar de azotes, los asistentes perdieron la cuenta del número de golpes.

Un inspector de la empresa intervino para impedir que el capataz matara a Isidore. Llevó a Isidore a su propio asentamiento, con la esperanza de ayudarle a curarse. Pero Isidore sentía como llegaba la muerte. Le dijo a alguien que se apiadó de él: "si ves a mi madre, o si vas al juez, o si te encuentras con el sacerdote, diles que me estoy muriendo porque soy cristiano". Dos misioneros pasaron varios días con él. Recibió con devoción los últimos sacramentos.

Les contó el motivo de su paliza: "Al capataz no le gustaban los cristianos... No quería que llevara el escapulario... Me gritaba cuando rezaba mis oraciones". Los misioneros instaron a Isidoro a perdonar a su verdugo; él les aseguró que ya lo había hecho y que no le guardaba ningún odio. "Ciertamente, rezaré por él. Cuando esté en el cielo, rezaré mucho por él".

La agonía de Isidoro, su particular cruz, duró seis meses. Murió el 8 o el 15 de agosto de 1909, con el rosario en la mano y el escapulario de la Virgen del Carmen al cuello.