Catechista devoto, Isidoro Bakanja non esitò ad offrire la sua vita a Dio, pieno della certezza che trovava nella sua fede e nella sua assidua recita del rosario. Un testimone della sua canonizzazione dichiarò che un padrone belga accusò Bakanja di insegnare preghiere e "ogni sorta di cose stupide ai miei operai, ai miei servi e anche agli abitanti del villaggio". Se questo non finisce, nessuno vorrà più lavorare per me". La sua lamentela si è conclusa con un altro pestaggio di Isidoro.

Il possesso belga del Congo dal 1885 non è stato altro che uno sfruttamento grossolano e ingiusto dei nativi. Bakanja era impiegato come servo, tornando occasionalmente al suo villaggio natale. Carattere mite, onesto e rispettoso, Isidoro lavorava coscienziosamente e pregava fedelmente, come attestano molti testimoni non cristiani. Spesso, rosario alla mano, cercava le occasioni per condividere la sua stessa fede con gli altri, al punto che molti lo consideravano un catechista.

Quando tornò a lavorare per gli agenti di una società belga, gli fu detto di sbarazzarsi dello scapolare. Quando si rifiutò a farlo, fu fustigato due volte. La seconda volta, il padrone è andato su tutte le furie. Si precipitò su Isidoro, gli strappò lo scapolare dal collo e lo gettò a terra. Fece afferrare Isidoro per le mani e per i piedi da due servi e un terzo servo lo frustò. La frusta era fatta di pelle di elefante con chiodi all'estremità. Il giovane Isidoro, che si contorceva dal dolore, implorava pietà. "Mio Dio, sto morendo", mormorò. Ma il boia continuò a dare calci a Isidoro sul collo e sulla testa, e ordinò ai suoi servi di frustarlo ancora più forte. Dopo un centinaio di frustate, gli inservienti persero il conto dei colpi.

Un ispettore dell'azienda è intervenuto per impedire al padrone di uccidere Isidore. Fece portare Isidoro nel suo insediamento, sperando di aiutarlo a guarire. Ma Isidoro sentiva la morte arrivare. Disse a qualcuno che ebbe pietà di lui: "Se vedi mia madre, o se vai dal giudice, o se incontri il prete, dì loro che sto morendo perché sono cristiano. Due missionari hanno trascorso diversi giorni con lui. Ha ricevuto devotamente gli ultimi sacramenti.

Disse loro il motivo del suo pestaggio: "Al padrone non piacevano i cristiani... Non voleva che portassi lo scapolare... Mi ha urlato contro quando dicevo le mie preghiere". I missionari sollecitarono Isidoro a perdonare il suo carnefice; egli assicurò loro che lo aveva già fatto e che non nutriva alcun odio per lui. "Pregherò certamente per lui. Quando sarò in cielo, pregherò molto per lui".

L'agonia di Isidoro, la sua particolare croce, durò sei mesi. Morì l'8 o il 15 agosto 1909, con il suo rosario in mano e lo scapolare di Nostra Signora del Monte Carmelo al collo.